Cena começou oficialmente na wwe num combate contra Kurt Angle em 2002. Cena estava inspirado e determinado a ser um dos melhores daquela companhia, e quase o conseguia ao inicio num combate contra Angle, mas não conseguiu vencer. Depois virou face num show com Chris Jericho. Em Outubro Cena e Billy Kidman juntaram-se e conquistaram pela primeira vez o wwe tag teams championship da Smackdown, mas na semana seguinte virou-se contra ele e atacou-o. Depois disto cena mudou de gimnick para "rapper". No ínicio de 2003 tentou sua sorte no wwe championship contra Brock Lesnar, foi nesse combate que adquiriu um novo finisher, FU, apesar disto não conseguiu vencer. Voltou a ensistir e num torneio em Abril derrotou Lesnar por uma opurtunidade ao title, que não conseguiu. O ano para Cena acaba quando volta a ser face e se junta a Kurt Angle e outros membros num Survivor Series team match no final de 2003.
No início de 2004, John Cena participou no Royal Rumble 2004, sendo um dos últimos antes de ser eliminado por Big Show. Entrou em conflito com este, levando a uma vitória na WrestleMania XX e a conquistar o WWE United States Championship. Mas mais tarde, foi-lhe retirado pelo GM da SmackDown, Kurt Angle. Acabou por recuperar o título após ganhar uma série de combates à melhor de cinco contra Booker T. Mas veio a perder para Carlito.

A 8 de Janeiro de 2006, durante o New Year's Revolution, Cena defendeu com sucesso o título da WWE numa Elimination Chamber. Onde enfrentou Kane, Kurt Angle, Carlito, Chris Masters e Shawn Michaels. Mas depois deste brutal combate Vince McMahon veio anunciar que Cena ainda teria de defender o titulo contra Edge, que estava a cobrar a sua oportunidade título do Money in the Bank. Edge atacou Cena com dois spears, e conseguiu ganhar o título da WWE. Passado apenas 3 semanas Cena fez Edge desistir com o STFU no Royal Rumble 2006 para recuperar o título da WWE.

Na Wrestlemania XXII, John Cena manteve o título da WWE, após derrotar Triple H que se tinha tornado o nº1 contender. Chegado o One Night Stand 2006, John Cena perdeu o título para Rob Van Dam, após este ter cobrado o Money in the Bank. Cena falhou nova tentativa de recuperar o título da WWE no Saturday Night's Main Event contra o novo campeão Edge. Chegado o SummerSlam 2006Cena tentou recuperar o seu titulo mas não voltou a conseguir.

Depois disto tudo Edge pede a Shane McMahon para fazer com que John Cena o deixe em paz. Então, Cena aparece com um contrato de 3 anos proposto pela Smackdown e diz que só pretendia uma oportunidade pelo título e, caso perdesse assinava o contrato e ia embora da RAW. Edge aceitou a proposta mas com as condições de ser ele a escolher o tipo de combate. Assim Edge marca para o Unforgiven 2006 um TLC. Mas desta vez num brutal combate, John Cena vence e sagra-se campeão da WWE pela terceira vez. No Armageddon, o Campeão Mundial Batista, convidou John Cena para fazer um combate Tag team visto que King Booker e Finlay queriam o Título Mundial. Os campeões conseguiram vencer.

Depois disto Cena iniciou uma rivalidade com o HBK, e juntamente com ele chegaram a ser World Tag Teams Champions, mas perderam nos mais tarde. Chegado há Wrestlemania XXIII, Cena defendeu seu título da WWE contra Shawn Michaels. Asseguir, no Backlash John Cena defendeu o seu título num Fatal 4-Way contra Shawn Michaels, Randy Orton e Edge. Mais tarde, na RAW Shawn Michaels, Randy Orton e Edge foram encontrados inconscientes no vestiário e Cena desafiou no meio do ringue a pessoa que fez isso, e dai aparece o The Great Khali. Assim Khali e Cena iriam se enfrentar no Judgment Day. Apesar de sua vitória, Cena teria que lutar novamente com Khali no One Night Stand numa luta Pinfalls Counts Anywhere. Quando Khali estava melhor no combate e quando ambos os lutadores estavam no topo da rampa, Cena aplicou um F-U em Khali e depois o pin, retendo seu título. Chegando ao Vengeance (Night of Champions) Cena lutaria contra Randy Orton, Bobby Lashley, Mick Foley e King Booker. Cena permaneceu com o título após aplicar um F-U em Mick Foley.

Mais tarde Randy Orton atingiu Cena com um RKO, mas numa cadeira de aço. Então foi marcado para o Summer Slam um Cena vs Orton. Quando Finalmente chegou a noite, Orton e Cena lutaram com tudo o que tinham. Mas no final de um grandioso combate, onde quase Orton acaba a carreira de Cena com aquele pontapé, Cena consegue vencer. Mas no dia seguinte, na RAW Randy Orton atacou o pai de Cena e deixou o em coma. Orton tirou o Mr. Cena de seu lugar da plateia, colocou o no ringue e deu-lhe aquele pontapé. Então no Unforgiven Cena iria voltar a defender o seu titulo contra Orton. Chegando ao Unforgiven, Cena enfrentou Orton , com a raiva toda que Cena tinha, este foi desqualificado após não parar de dar murros consecutivos em Orton. Então na Raw seguinte foi marcado outro combate para o No Mercy, mas desta vez num Last Man Standing.

No dia 27 de Janeiro de 2008, John Cena reapareceu de surpresa no Royal Rumble 2008, como participante de número 30. Onde venceu e ganhou a oportunidade de lutar pelo wwe Championship na Wrestlemania XXIV. Mas Cena não quis esperar até lá e no No Way Out defrontou Orton, onde ganhou mas por desqualificação. Chegado a Wrestlemania XXIV, Cena enfrentou Ortone Triple H, que tinha também conquistado o lugar de nº1 contender após vencer uma Elimination Chamber. Mesmo assim nenhum dos dois venceu e Orton acabou mesmo por reter o titulo. No Backlash, agora entre ele, Triple H, Randy Orton e JBL, Cena tinha a oportunidade de recuperar o titulo mas essa sorte surgiu, ao King of Kings tornando-se pela 12º vez World Champion.

No seguinte episódio da Raw, JBL queria combater contra John Cena no Judgement Day. Onde Cena venceu. No seguinte episódio do RAW, John Cena e Triple H fizeram equipe contra Randy Orton e JBL. Se Orton e JBL vencessem escolheriam o tipo de combate e se ganhassem, Cena e Triple H combateriam pelo WWE Championship, mas quem ganhou foram Randy Orton e JBL. Cena e JBL iriam combater num First Blood Match, mas quem ganhou foi outra vez Cena. No Night of Champions, Cena iria enfrentar Triple H pelo WWE Championship. Cena não consegiu vencer Triple H e conquistar o título. Asseguir na Raw Cena fez trio com os Cryme Tyme, e destruiram a limosine de JBL. Então, no The Great American Bash ele e JBL lutaram num New York City Parking Lot Brawl, mas Cena perdeu.

Na RAW de 28 de julho, o novo General Manager, Mike Adamle decidiu que ele e Batista irião lutar no SummerSlam. No programa de 4 de Agosto, Cena e Batista venceram os campeões mundiais de Tag Teams Cody Rhodes e Ted DiBiase Jr, mas perderam na semana seguinte os titulo para Rhodes e Dibiase. No SummerSlam perdeu a luta para Batista num espectacular combate na minha opinião. Num house show da WWE, Cena lesionou-se no pescoço ficando de fora durante algum tempo. Mas agora no Survivor Series fará o seu regresso contra Chris Jericho pelo titulo Mundial!!